ガーティ・ルーとの激闘を切り抜けたばかりのミネルバに入った急報。それは更なる、そしてより深刻な凶報であった。
　停戦条約締結の地であり、血のバレンタインの悲劇の舞台、ユニウスセブンが安定軌道を外れ地球に向け落下し始めたのだ。
　デュランダルは何故かタリアとともにベッドの中でその凶報を聞いたのだが、ともかく彼は速やかにプラントに指示を与えるのだった。
その指示を受けてプラントは、イザークの部隊を破砕部隊として急行させる。
　同じ頃、地球でもそれらの動きを察知し、あらたにブルーコスモスの新盟主となったロード・ジブリールがその機に乗じプラントとの再戦を持ちかける。居合わせた老人たち〜ＢＣの上部組織ロゴスの幹部たち〜の態度に内心苛立ちながら、結局承諾を取り付けるに至るのだが。
　話を戻し、現場に到着したイザーク隊は直ちにメテオブレイカーに因るユニウスセブンの破壊作業を開始。しかしその時謎のジンの一団が工作隊を急襲する。一連の異変は人為的なものであったのだ。
　そこにミネルバからＭＳ部隊がイザークたち工作隊をフォローすべく到着した。その中には自ら志願したザクウォーリアのアスランの姿があった。

アイキャッチ：アビスガンダムとアウルを

　地球へ落下を始めたユニウスセブンを破壊するために、現場に急行したイザーク隊、対してユニウス落下を図る謎のジンの一団。
そこにミネルバ隊が駆けつけ、テロリストとの戦闘に入った。
　さらには撤退したはずのガーティ・ルーが介入。カオス・アビス・ガイアが参戦するのだった。しかしネオの通信で一時共闘の意向を示し、ともにテロリストとの戦闘にあたる。戦いの最中、敵を圧倒するアスランとイザーク、そしてディアッカ。それを目の当たりにし驚嘆するシン。かつてのクルーゼ隊の勇士は健在であった。
　ともかく彼等の活躍により工作隊はメテオブレイカーの起動しユニウスセブンは分割された。しかし未だその破片は大きく、ミネルバはそれをさらに砕く為に共に大気圏に突入することを決める。
　一方アスランとシンも出来る限り破片を細分化するため、残されていたメテオブレイカーの起動を試みる。だがそれを阻止しようと残るテロリストが玉砕をしかけた。
　実は彼等はかつてザフトに身を置いた者たちで、かの血のバレンタイン事件で家族を失い、パトリック・ザラの思想をその拠として生きてきた。パトリックの戦死で居場所を失い、デュランダルの施政に反発し、今回の暴挙に到ったわけだ。
　己と同じ境遇を持つ人間を目の当たりにしたシン。かつて自分もその強引な施政を否定した亡き父、しかし命をかけそれを肯定する人間に出会ったアスラン。衝撃と動揺のなか２人は大気圏へと落下していく。

アイキャッチ：ザクファントム（青）とイザークを

　辛くもテロリストたちを退けるもユニウスセブン、それでも最後までユニウスの破砕を続ける為ミネルバもまた大気圏に突入、そのまま地上に降下した。
が、その行為もむなしく結局いくらかの破片は地球に落下し、地球各地は甚大な被害を受けてしまった。
　その惨事を受け、先にプラントに帰還したデュランダルは持てるすべての物資をもって各地の救援を指示する。
　しかしそれをあざ笑うかのごとく、ジブリールはガーティ・ルーのネオに指示を与える。そして大西洋連邦への介入を画策しさらには傍らの科学者風の男の説明を受ける。その男から発せられた言葉『Ｆ計画』を。
　一方ミネルバは、先の戦闘で受けたダメージの大きさからカーペンタリア基地に向かうこともままならず、あとカガリを送り届けなければならぬこともあり、一路オーブへと向うことにする。
　そのオーブの浜辺でキラが、先の惨事から再びまき起こらんとする戦乱、そして自らにも訪れるであろう激動の運命を予感していた。それに寄り添ってくるラクス、今はただ二人きりでたたずむのみであった。
　その一方、ラクスのポートレートに囲まれて舞う一人の少女、それはラクスと瓜二つの少女だった。

アイキャッチ：ザクウォーリア（緑）とディアッカを

　オーブに入港したミネルバは修理と補給の為、モルゲンレーテのドックに入った。
　代表首長として政務に復帰し官邸へと戻ったカガリは、待ち合わせたウナト等首脳陣から、先の事件によって地球とプラントの情勢が抜き差しならない事態になっていることを知らされる、そしてそれに伴い、オーブの国際情勢に対する態度についての決断を迫られようとしていた。
　一方、つかの間の休暇を楽しむミネルバのクルー達。そんな中は艦長のタリアは、ドッグで整備を行っていた女性整備士を見かけ、何故か興味を示しいくらか話しかける。その相手こそ、かつてのアークエンジェル（以下ＡＡ）艦長、マリュー＝ラミアスであった。彼女は素性を隠しミネルバの整備にあたっていたのだ。
　一方シンは、ルナマリアとともに家族の亡くなった地を訪れる。そこに偶然建てられた慰霊碑を複雑な思いで見やっていた。
「ここで、シンの家族が」とのルナマリアの問いに「ああ、でも墓はない、これが墓標の代わりってやつさ」と半ば吐き捨てる用に応える。
　そんな中、傍らにはいつの間にか一人の青年が佇んでいた。
その青年、キラはシンに呼びかけられ自らの名を名乗る。そしてシンの心は大きく揺れ動く。
　アスランもまた、先にキラと会い再び行くべき道を模索し始める。そして彼はカガリに約束の指輪を渡しデュランダルの元へと向う決心をする。

アイキャッチ：ミネルバとタリアを

　地球連合は、「ユニウスセブン落下事件」をザフトの仕業と決め付け、プラントを敵性国家と見なす共同声明を発表。地球軍の月面基地では、開戦へ向けて着々と準備が進んでいた。プラント政府の最高評議会は紛糾し、開戦派の意見が主流を占めようとしていたが、デュランダルはあくまでも対話による解決を主張。とはいえ、当座は降り掛かる火の粉を払わねばならない。目の前に迫った地球軍の攻撃に対して、国防委員会はプラントを守るために軍を動かす。その頃、プラントへ着いたアスランは、和平を訴えるべくデュランダルへの面会を求めていた。
　地球軍はプラントへの開戦を通告し、進軍を開始。合わせてイザーク隊も迎撃に参加するが、その部隊は実は囮だった。別動隊のモビルスーツが、プラント目掛けて核ミサイルを次々と発射するが、ザフト艦の新兵器・ニュートロンスタンピーダーの一撃が、迫る核ミサイルを全て迎撃。プラントは最大の危機を脱した。しかしイザークらはその破壊力に戸惑いを禁じえないでいた。
　一方のロゴス、ことに盟主のジブリールは動ずるそぶりもなく、むしろ自分が主導権を握れるとほくそ笑む。そこで傍らの科学者にとある計画の開始を指示する。

　変わってプラント内で、デュランダルを待ちつつ、外の戦況を茫然と見やっていたアスランは、ラクスそっくりの少女にいきなり抱きつかれる。後で食事にと誘われ戸惑いを禁じえないアスランの前に、ようやくデュランダルが姿を現した。

アイキャッチ：ブラストインパルスと銃を構えるシン

　ようやく会見の場を得、デュランダルから先ほどの事態は、地球連合がプラントへ核攻撃を仕掛けたと聞かされたアスランは、その疑念が確信と変わり驚愕する。そこで彼は改めてアスランと名乗り、父・パトリックの言葉を否定した上で、デュランダルへ和平を訴える。淡々と語るうちに次第に感情を高ぶらせ自分をも責めるアスランに、デュランダルは「負い目に思ってはいけない」と、優しく諭すのだった。ふと何かのころ合いを見計らったのか、傍らのモニターのスイッチを押す。
　その頃プラント市内は、連合の核攻撃を知らされ騒然としていた。そこへあらゆるモニターから聞き覚えのある声が流れ、市民の動揺を鎮めるべく人々に訴え始める。
　モニターに映し出された少女、それは先刻アスランと接触してきたラクスそっくりの少女。彼女がラクスをかたって演説をしていたのだ。その映像を観て軽い動揺を禁じえないアスランにデュランダルは、彼女は現在地球に隠棲中のラクスに代わって、彼女の代理を務めていると告白。そして彼の口から、彼女の本名、ミーア＝キャンベルという名を聞き出したのだ。
　次にデュランダルは彼を連れて軍の格納庫へ向かった。そこにあった新型機・セイバーガンダムを前に、デュランダルはこの機体をアスランに預けたいと言い出す。父のことで悩み苦しみ、誰よりも平和を望んでいるアスランだからこそ、いざというときには力のある存在であって欲しいと言うのだ。
　しばらく考える時間がほしいと告げるアスランにデュランダルも了解し、アスランはこの場を離れる。そこにミーアが現れ彼を食事に誘う。会食中淡々と胸の内を語るミーア。プラントのために、ラクスの代わりを喜んで演じている彼女を前に、アスランはただ思い悩むだけであった。

アイキャッチ：セイバーガンダムとアスラン

　プラントの最高評議会は、先の再核撃戦を受け、現在ジブラルタルとカーペンタリアのザフト基地を包囲している地球軍への対応に追われていた。それに際しデュランダルはこの軍事作戦を先の報復に持ち込まぬようあくまで積極的自衛権の行使であることを明言し、戦火が拡大しないよう配慮する。
　時を同じくして、オーブ議会では大西洋連邦との同盟の締結が議論される。その同盟をかたくなに拒むカガリであったが、ウナトの一言、「伝統や正義、正論よりも、国民の安全のことをお考え下さい」という言葉に大半の議員も同調し、カガリの必死の訴えもかき消されていったかにみえた、
　そして別荘のベランダで一人たたずむキラ、誰もいないはずなのに、誰かに語りかけているように見えた。
　その頃プラントに滞在していたアスランのもと、半ば押しかけられるようにイザークとディアッカの訪問を受ける。二人は、部隊をシホに任せアスランの護衛と監視のために派遣されてきたのだ。かつての戦友・ニコルらの墓を訪れたアスランに、イザークはザフト軍へ戻るよう強く勧める。
　プラントの降下作戦と、それに呼応したオーブ・大西洋連邦の同盟締結を察知したバルトフェルドは、停泊中のミネルバへ匿名の警告を送る。それを受けてタリアは出航を決断し、ミネルバは翌朝オーブを離れた。だがすでに領海外では、地球軍の艦隊がミネルバを待ち受けていた。
　一方のカガリは、己の不甲斐なさに落ち込んでいた。そんな彼女に、訪れたユウナは優しく告げる「僕が君を支える、夫として」と。しかしカガリはそんな言葉に違和感を禁じえないでいた。

アイキャッチ：ソードインパルスとノーマルスーツ姿のシン

　オーブ外洋にて敵の待ち伏せを受けるミネルバ。前方に大西洋連邦軍、後方には出航を見計らったかのごとくオーブ艦隊が出撃した。もちろん、後退した場合の迎撃に備えて。
　その事態に気付いたカガリは信義に反すると攻撃の中止を訴えようとするも、ここぞとばかりにユウナがそれを諌める。そのわざとらしさにいらだちつつも、結局カガリは引き下がらざるを得なかった。
　こうして退路を断たれたミネルバは正面突破を余儀なくされる。ルナマリアとレイは艦の守備に就き、シンは連邦のＭＳウインダムを次々と迎撃していく。そこで連邦の新型ＭＡザムザザーが投入される。内蔵するリフレクターで援護射撃でミネルバから放たれたタンホイザーの一撃をも跳ね返したザムザザーが、インパルスを追い詰める。絶体絶命のそのときシンの中に何かが弾けた。
　ザムザザーのとどめの一撃をはじき返し、海上からミネルバからのデュートリオン・ビームでエネルギーをチャージしたインパルスは、ザムザザーを一撃のもとに斬り伏せる。続いてソードシルエットに換装すると、鬼神のように地球軍の戦艦を切り裂き、次々と沈めていく。その圧倒的な強さに、ミネルバのクルーも含めた全ての人々は驚嘆を禁じえなかった。こうしてミネルバはオーブを後にすることに成功したのだった。
　その頃プラントでは、アスランがザフトの赤服に袖を通していた。デュランダルに特務部隊・フェイスの徽章を与えられ、平和のために再び戦う決意を固めたアスランは、新たな機体・セイバーガンダムを駆って飛び立つのだった。

アイキャッチ：ザムザザーとネオ